Analisis abnormalitas tanaman kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq) hasil kultur jaringan dengan teknik Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) Analysis abnormalities of oil palm (Elaeis guineensis Jacq) from tissue culture by Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD

Abstract

Summary
Problem in oil palm propagation through
tissue culture is the abnormality of reproductive
organs i.e. female flowers and mantle fruits are in
the same plants or clones. Various abnormalities
obtained between clones, and could only be
identified after fruit formation. The experiment
was conducted to analyze genetic similarities of
normal and abnormal genotypes in the same and
among clones, and also to get a specific RAPD
band as a marker for abnormalities. Six clones of
oil palm (16 genotypes) of 5-year old MK152,
MK203, MK209 and MK212 with normal fruits,
female flowers, and abnormal fruits (heavy
mantled), grown in the field, while two other
clones were MK 104 and MK 176 with normal
fruits and heavy mantled. PCR reaction to
amplify DNA of 16 genotypes using 15 random
primers. Genetic similarities and dendogram
were done by NTSYS-pc, while honestly value of
UPGMA analyzed by boostrap with WinBoot
program. The results showed that OPC-07,
OPC-09, OPW-19 and SC10-19 were able to
determine the differences of normal and
abnormal genotypes in the same clone of six
clones tested. While other primers were only
able to differentiate between normal and
abnormal genotypes only in several clones.
Genetic similarities among 16 genotypes tested
were around 0.47-0.96. Genetic similarities
between normal genotype were higher than that
of among abnormal genotypes. MK176 clone
was more stable in culture as compare to other
clones. UPGMA showed that in generaly normal
genotypes and abnormal one, in the same
clones belongs to the same group. The results of
principalcomponent analysis showed that from 15
primers tested no specific DNA band could be
used as a marker for abnormalities. To obtaine
have DNA markers, a more sensitive technique
for DNA analysis is needed.

Ringkasan
Masalah yang dihadapi dalam perbanyakan
tanaman kelapa sawit dengan teknik kultur
jaringan adalah abnormalitas organ reproduktif
yaitu terbentuknya bunga jantan dan buah mantel
dalam klon yang sama. Terjadinya abnormalitas
sangat beragam, dan teridentifikasi setelah
tanaman berbuah. Penelitian ini bertujuan untuk
mengetahui kesamaan genetik serta penge-
lompokan antar genotipe normal dan abnormal
dalam klon yang sama maupun antar klon, serta
menetapkan pita DNA penciri untuk abnormalitas
dengan RAPD. Enam klon kelapa sawit

(16 genotipe) berumur 5 tahun yaitu MK152,
MK203, MK209, dan MK212 masing-masing
dengan genotipe berbuah normal, berbunga
jantan, dan berbuah abnormal (mantel berat). Dua
klon lainnya yaitu MK104 dan MK176 masing-
masing terdiri dari genotipe berbuah normal dan
mantel berat. Reaksi PCR untuk mengamplifikasi
DNA contoh dilakukan menggunakan 15 primer
acak. Kesamaan genetik dan pembuatan
fenogram dilakukan dengan program
NTSYS-pc. Sedang tingkat kepercayaan
UPGMA ditetapkan dengan analisis
bootstrap menggunakan program WinBoot.
Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa
primer OPC-09, SC10-19, OPC-07 dan
OPW-19 mampu membedakan genotipe
normal dan abnormal dalam klon yang sama
untuk keenam kon yang diuji. Sedang primer
lainnya hanya mampu menunjukkan
perbedaan antar genotipe normal dan
abnormal dalam beberapa klon saja.
Kesamaan genetik antar 16 genotipe yang
diuji berkisar antara 0,47-0,96. Kesamaan
genetik antar genotipe normal lebih tinggi
dibandingkan dengan kesamaan genetik
antar genotipe abnormal. Klon MK176
lebih stabil dalam kultur dibandingkan
dengan klon lainnya. UPGMA menunjukkan
bahwa umumnya genotipe normal dan
abnormal dalam klon yang sama berada
dalam satu grup. Hasil analisis komponen
utama menunjukkan bahwa dari 15 primer
yang diuji belum mampu menghasilkan pita
DNA penciri untuk abnormalitas. Untuk
mendapatkan pita DNA penciri, perlu
dilakukan analisis DNA dengan teknik yang
lebih sensitif untuk mendeteksi perubahan
satu basa oligonukleotida