Analisis keragaman genetik Ganoderma spp. yang berasosiasi dengan tanaman kakao dan tanaman pelindungnya menggunakan Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) Genetic diversity analysis of Ganoderma spp. associated with cocoa and its shade trees using Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD)

Abstract

Abstract
Information on genetic diversity of Ganoderma spp.
causing root rot disease in crops is important to develop
a proper strategy for the control of Ganoderma disease. The
objectives of this research were to study the genetic diversity
of Ganoderma spp. associated with cacao and its shade trees
(Albazia faltacaria, Swietenia mahogani, Adenathera
microsperma and Leucaena leucocephala) by random
amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis. Fourty five
samples of Ganoderma spp. were used in this research. The
results showed that DNA amplification using 10 arbitrary
oligonucleotide primers produced 220 DNA fragments
showing polymorphisms. The cluster analysis showed that 45
number of Ganoderma samples had a high variability with the
coefficient value ranged from 0.71 to 0.91. Further analysis
using Winboot software showed that three groups of
Ganoderma spp. had a high degree of confidence (>50 %),
which were Ganoderma samples from sengon (Paraserianthes
sp.) of Tasikmalaya, sengon (Paraserianthes sp.) of
Palembang, and mahogany of Jember; whereas the other
groups of samples had a low degree of confidence (<50
%).

Abstrak
Informasi tentang keragaman genetik Ganoderma spp.
sebagai penyebab penyakit busuk akar pada tanaman
perkebunan sangat diperlukan untuk menerapkan strategi
yang tepat dalam upaya perlindungan tanaman perkebunan.
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman genetik
Ganoderma spp. yang berasosiasi dengan tanaman kakao dan
tanaman pelindungnya (sengon, mahoni, saga dan lamtoro)
dari berbagai wilayah di Indonesia menggunakan penanda
molekuler random amplified polymorphic DNA (RAPD).
Sebanyak 45 sampel Ganoderma spp digunakan dalam
penelitian ini. Amplifikasi DNA dengan 10 primer terpilih
menghasilkan 220 fragmen DNA yang menunjukkan adanya
polimorfisme. Hasil analisis menunjukkan adanya keragaman
yang cukup tinggi di antara sampel Ganoderma spp. dari
pohon inang dan wilayah yang berbeda, dengan nilai
koefisien 0,71-0,91. Berdasarkan analisis bootstrap
diketahui bahwa tiga kelompok sampel Ganoderma spp.
memiliki tingkat kepercayaan yang tinggi (>50 %) yaitu
kelompok Ganoderma spp. yang berasosiasi dengan pohon
sengon asal Tasikmalaya, sengon Palembang, dan mahoni
Jember; sedangkan pengelompokan lainnya menunjukk
menunjukkan tingkat kepercayaan yang rendah (<50 %).