Kloning fragmen gen penyandi β-ketoacyl-ACP synthase II dari dua tipe kelapa sawit dengan kandungan asam oleat yang berbeda Cloning of gene fragment encoding β-ketoacyl-ACP synthase II from two types of oil palm with different oleic acid content

Abstract

Abstract

In addition to increase productivity, oil palm breeding is also aimed to increase oil quality, one of which is oleic acid content. Conventionally, the increase of oleic acid is carried out by crossing between Elaeis guineensis which is high in oil
content and Elaeis oleifera which contain high oleic acid. Genetic engineering to increase oleic acid might be done by over expressing gene encoding β-Ketoacyl-ACP Synthase II (KASII) in the mesocarp of oil palm. As a preliminary work
of genetic engineering to increase oleic acid content, this research was aimed to clone DNA fragment of gene encoding KASII by using RT-PCR. Total RNA were isolated from the mesocarp of two different types of oil palms, namely
Simalungun (E. guineensis) and Hibrida (E. guineensi x E. oleifera), and used for synthesis of first strand cDNA. Amplification of KASII DNA fragments was carried out using first strand cDNA as a template with specific primers. The
RT-PCR product was verified by electrophoresis on agarose gel, isolated and purified from the gel, sequenced and then cloned into E. coli using pGEM-T Easy cloning vector. Analysis of the target DNA in transformed E. coli was done by colony PCR. Recombinant plasmid was isolated from recombinant E. coli followed by DNA sequencing and analysis. DNA sequences were analysed using BLASTn to test the homology with similar genes. The results show that DNA
fragment of RT-PCR products from Simalungun and Hibrida types of oil palm have been cloned in E. coli, and the sequences have been confirmed as a fragment of KASII gene. Analysis of the two sequences indicated that there were differences of four nucleotides at position no of 91, 103, 115, and 148.

Abstrak

Selain meningkatkan produksi, pemuliaan kelapa sawit juga ditujukan untuk meningkatkan kualitas minyak sawit, salah satunya adalah meningkatkan kandungan oleat. Secara konvensional peningkatan kandungan oleat dilakukan melalui penyilangan antara Elaeis guineensis yang tinggi rendemen
minyaknya dengan Elaeis oleifera yang tinggi kandungan oleatnya. Rekayasa genetika untuk peningkatan kandungan oleat dapat ditempuh antara lain dengan mening-katkan ekspresi gen penyandi β-Ketoacyl-ACP Synthase II (KASII)
pada mesokarp buah sawit. Sebagai bagian dari upaya peningkatan kandungan oleat, penelitian ini bertujuan untuk mengklon fragmen gen penyandi KASII dengan pendekatanRT-PCR. RNA total diisolasi dari mesokarp dua tipe kelapa
sawit yaitu Simalungun dan Hibrida (E. guineensis x E. oleifera), kemudian digunakan dalam sintesis utas pertama cDNA. Amplifikasi fragmen DNA penyandi KASII dilakukan menggunakan primer spesifik dan templat cDNA
utas pertama hasil sintesis. Produk RT-PCR diverifikasi dengan elektroforesis pada gel agarosa, diisolasi dan dimurnikan dari gel, disekuen kemudian diklon dalam E. coli menggunakan vektor kloning pGEM-T Easy. Analisis adanya
fragmen DNA target dalam sel E. coli transforman dilakukan dengan PCR koloni. Plasmid rekombinan diisolasi dari sel rekombinan dan diverifikasi pada gel agarose kemudian disekuen kembali untuk mengkonfirmasi bahwa fragmen
DNA terklon adalah bagian dari gen penyandi KASII. Sekuen DNA dianalisis menggunakan BLASTn untuk mengetahui homologinya dengan gen yang sama. Hasil penelitian menunjukkan bahwa fragmen DNA produk RTPCR dari kelapa sawit tipe Simalungun dan Hibrida telah terklon dalam E. coli dan sekuen DNAnya dikonfirmasi sebagai fragmen gen penyandi KASII. Hasil analisis sekuen DNA KASII dari tipe Simalungun dengan tipe Hibrida juga mengindikasikan adanya perbedaan pada empat nukleotida yaitu pada posisi ke-91, ke-103, ke-115, dan ke-148.