Deteksi metilasi DNA genom Elaeis guineensis Jacq hasil kultur jaringan dengan teknik Randomly Amplified Fingerprint (RAF) DNA dan Reverse Phase HPLC (RP-HPLC) Analysis DNA genom methylation of Elaeis guineensis Jacq from tissue culture by Randomly Amplified Fingerprint DNA (RAF) and Reverse Phase HPLC (RP-HPLC)

Nurita TORUAN-MATHIUS, Nesti F SIANIPAR, G A WATTIMENA, Hajrial ASWIDINNOOR, Maggy THENAWIDJAYA-SUHARTONO, Gale GINTING

Abstract


Abstract

 

Embryo somatic (ES) abnormalities of  oil palm were probably caused by numbers and location of  DNA genom cytosin methylation. Quantity of methylation could be determined  by Reverse phase HPLC (RP-HPLC) techniques, while location of DNA cytosin methylation was detected by Random Amplified Fingerprint DNA (RAF-DNA) technique. The objective of  this research was to determine numbers  and pattern of DNA cytosin methylation  of normal or abnormal ES and normal ortet as a standard.  DNA genomic of samples were cut by  HpaII and MspI enzymes at  CCGG site, and amplified by RAF. HpaII  cut at  mCCGG  sequences, but if  second C  were methylated  the sequences can not be cut by HpaII.While Msp1 will cut if internal of cytosine was methylated  (CmCGG). The results showed that AB16, AE11, AO12 and  AP12 primers could detect the changes of methylation site on normal ortet and abnormal ES cotyledone.  RP-HPLC analyses showed that DNA cytosin methylation content between ES globular and ES cotyledone, both normal and abnormal  and also normal plantlet and ortet were unsignificantly different. DNA methyl content was around   0.25 – 2.72 %. Internal and fully methylation was found on 124 – 457 bp. Abnormal ES  of MK638 clone showed the hipomethylation pattern. It was concluded that methylation cytosine content was very low and it seems that DNA methylation undirectly  affects on process of morphology abnormalities.  Abnormalities of ES globular and cotyledone might be caused by the change of  DNA genom sequences. 


Abstrak

 

Abnormalitas pada embrio somatik (ES) tanaman kelapa sawit diduga disebabkan oleh kandungan serta lokasi terjadinya metilasi sitosin DNA genom. Kandungan metilasi dapat ditetapkan dengan teknik Reverse Phase HPLC (RP-HPLC), sedang lokasi terjadinya  metilasi sitosin DNA genom ES dapat dideteksi dengan teknik Random Amplified Fingerprint DNA (RAF-DNA). Tujuan penelitian ini adalah 

untuk menetapkan pola metilasi sitosin DNA genom ES kotiledon normal dan abnormal, sebagai pembanding adalah ortet yang normal.  DNA genom contoh dipotong dengan enzim HpaII dan MspI yang mengenali situs CCGG, selanjutnya diamplifikasi dengan RAF. Enzim HpaII memotong sekuen mCCGG tetapi jika C kedua mengalami metilasi sekuen tersebut tidak terpotong. Msp1 akan memotong apabila sitosin internal termetilasi (CmCGG). Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa terjadi perubahan  situs metilasi antara ortet  normal dan ES kotiledon abnormal. Perubahan situs metilasi sitosin dapat dibedakan dengan primer RAF, yaitu AB16, AE11, AO12 dan AP12.  Hasil analisis RP-HPLC menunjukkan bahwa perbedaan kandungan metilasi sitosin DNA ES globular maupun kotiledon masing-masing antara yang normal dan abnormal, serta antara planlet dan ortet normal sangat kecil. Kandungan metil sitosin berkisar antara 0,25 – 2,72 %. Tampak bahwa pada 124 - 457 pb terjadi metilasi internal, eksternal maupun metilasi penuh. Pada ES abnormal klon MK638 menunjukkan terjadi hipometilasi sitosin.  Perbedaan kandungan  metilasi sitosin yang sangat kecil diduga tidak berpengaruh langsung terhadap proses abnormalitas. Abnormalitas yang terjadi pada ES globular dan kotiledon kemungkinan akibat terjadinya perubahan sekuens DNA genom. 



Keywords


Oil palm, DNA methylation, embryo somatic - abnormality, RAF-DNA, RP-HPLC

Full Text:

PDF


DOI: http://dx.doi.org/10.22302/iribb.jur.mp.v76i2.81

Refbacks

  • There are currently no refbacks.


Copyright (c) 2016 Jurnal Menara Perkebunan



CALL FOR PAPERS:

Menara Perkebunan sebagai media komunikasi penelitian di bidang Perkebunan membuka peluang kepada peneliti, akademisi untuk memuat tulisan:
- hasil penelitian orisinil,
- pengembangan teknologi,
- review/ulasan tentang bioteknologi dan bioindustri serta aplikasinya pada bidang pertanian, kesehatan dan lingkungan serta aspek bioteknologi yang lain.

MENARA PERKEBUNAN Indexed by:
 

Content on this site is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International Public License

ADDRESS:

INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY
PT. RISET PERKEBUNAN NUSANTARA
Jl. Taman Kencana No. 1, Bogor 16128. Telp. 0251-8324048/8327449. Fax. 0251-8328516
E-mail : menaraperkebunanppbbi@gmail.com http://mp.iribb.org