Kloning gen penyandi β-1,6-glukanase kapang secara cepat dengan teknik RT-PCR menggunakan primer spesifik Rapid cloning for gene encoding fungal β-1,6-glucanase by means of RT-PCR using specific primers

Abstract

Abstract
Production of bioethanol from biomass of
agricultural waste has been hindered with a high
production cost because enzymes needed for the
process has to be imported with relatively a high
price. Genetic engineering using its encoding
genes is able to produce those enzymes with
lower cost. In this report we described a research
aimed to clone gene encoding β-1,6-glucanase
from Trichoderma harzianum with a relatively
rapid and inexpensive method, by means of RT-
PCR using gene specific primers. The primers
were designed based on the DNA sequence of the
target gene from the same species of organism
used in this research. RT-PCR using that primers
resulted in DNA fragment with sizes
corresponding to the predicted size of full length
gene encoding β-1,6-glucanase, about 1300 bp.
After a sequential experiments of cloning using
pGEM-T Easy vector, DNA sequencing and
BlastN - BlastX analyses of the sequences, it was
proven that the isolated DNA was full length gene
of β-1,6-glucanase. This was implied from the
percentage of Identity and E-value which were
96% and 0.0 (< e-04) respectivety.

Abstrak
Produksi bioetanol dari biomassa limbah
pertanian, terkendala oleh tingginya biaya
produksi karena enzim yang diperlukan untuk
proses tersebut masih harus diimpor dengan
harga yang relatif mahal. Melalui rekayasa
genetika menggunakan gen-gen penyandinya,
enzim-enzim tersebut dapat diproduksi dengan
biaya yang lebih murah. Penelitian ini bertujuan
untuk mengklon gen penyandi β-1,6-glukanase
dari Trichoderma harzianum secara cepat dan
ekonomis, dengan RT-PCR menggunakan primer
spesifik. Primer tersebut dirancang berdasarkan
sekuen DNA dari gen target asal spesies
organisme yang sama dengan yang digunakan
dalam penelitian. RT-PCR dengan primer
tersebut menghasilkan fragmen DNA yang
ukurannya sesuai dengan gen lengkap penyandi
β-1,6-glukanase, yaitu sekitar 1300 bp. Setelah
secara berurutan diklon menggunakan vektor
pGEM-T Easy, sekuensing urutan DNA dan
analisis BlastN maupun BlastX dari sekuen yang
diperoleh, terbukti bahwa fragmen DNA tersebut
adalah gen lengkap penyandi β-1,6-glukanase.
Hal ini ditunjukkan oleh Nilai Kesamaan
(Identity) dan E-Value yang masing-masing
mencapai 96% dan 0.0.