Analisis genotip normal dan abnormal pada klon kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq.) dengan Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) Analysis normal and abnormal genotypes of oil palm clones (Elaeis guineensis Jacq.) by Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP)

Abstract

Summary
Tissue culture-derived plants of oil palm
may develop abnormal flowers in which
primordial stamens are converted into carpel-like
tissue or mantled fruits, and sterile male flowers.
This abnormality can be heritable, individual
palm may show variation in mantling and
reversion to the normal phenotype over time has
been observed. The aim of these experiments was
to analyze the differences between normal and
abnormal genotypes by DNA-AFLP. DNA was
isolated from young fruits of three clones,
MK152, MK209, and MK 212 each of them
consisted of normal fruits, abnormal fruits and
sterile male flowers. The research consisted of (i)
selection of AFLP primer which can produce
polymorphic bands, (ii) genetic similarities
analysis, UPGMA, principal component analysis
and specific DNA bands between normal or
abnormal genotypes. For primers selection, 20
AFLP primers with DNA from MK 152 normal
and abnormal genotypes were used. The selected
primers were then used to amplify DNA of nine
genotypes. The results show that 10 primer com-
binations EcoRI/MseI produced polymorphic
bands. Each primer from 10 primer produced
only one or two DNA bands indicates that the
differences between normal and abnormal
genotypes in the same clone. However, no
polymorphism was consistently found between
normal and abnormal clones in all the sets.
Genetic similarity analysis shows that between
genotype had high genetic similarities, around
92-99%. The results of UPGMA found the
different clustering between normal fruit,
abnormal male and abnormal fruits. The results
show same as clustering based on first, second
and third component. This suggest that, whilst
AFLP method is an effective way of detecting
variation in tissue culture-derived plants,
different approaches are required to identify the
casual basis of the mantled fruit abnormality.

Ringkasan
Tanaman kelapa sawit yang dihasilkan dari
kultur jaringan, umumnya dalam perkembangan-
nya akan memiliki organ reproduktif yang
abnormal. Abnormalitas berupa primordial
stamen berkembang menjadi bentuk jaringan
seperti karpel, buah mantel, atau bunga jantan
mandul. Penelitian ini bertujuan untuk

mendapatkan pembeda DNA-AFLP antara
genotip normal dan abnormal pada klon-klon
kelapa sawit. DNA diisolasi dari buah muda klon
MK 152, MK 209, dan MK 212 yang masing-
masing terdiri atas genotip normal, berbuah
abnormal, dan berbunga jantan steril. Percobaan
mencakup (i) seleksi primer AFLP yang mampu
menghasilkan pita yang polimorfis, (ii) analisis
kemiripan genetik, UPGMA, komponen utama
dan pita pembeda antar genotip normal dan
abnormal. Seleksi primer dilakukan terhadap 20
primer AFLP menggunakan DNA dari genotip
MK 152 yang normal dan abnormal. Selanjutnya
primer terpilih digunakan untuk mengamplifikasi
DNA dari kesembilan genotip yang diuji. Hasil
yang diperoleh menunjukkan bahwa 10 kombi-
nasi primer EcoRI/MseI mampu menghasilkan
pita yang polimorfis. Dari 10 primer yang diuji,
masing-masing hanya menghasilkan satu atau
dua pita DNA yang mampu membedakan genotip
normal dan abnormal dalam klon yang sama.
Namun, tidak ada pita DNA spesifik yang
mampu membedakan genotip normal dengan
abnormal untuk seluruh klon yang diuji. Analisis
kemiripan genetik menunjukkan bahwa antar
genotip memiliki kemiripan genetik yang sangat
tinggi, yaitu 92-99%. Dari hasil UPGMA
diperoleh pengelompokan yang terpisah antar
genotip normal, abnormal jantan dan buah
abnormal. Hasil tersebut didukung oleh
pengelompokan berdasarkan komponen utama
satu, dua dan tiga. Dapat disimpulkan bahwa,
teknik AFLP tidak efektif untuk mendeteksi
pembeda antar genotip tanaman yang diperoleh
dari kultur jaringan, pendekatan lainnya
diperlukan untuk mengidentifikasi abnormalitas.